南川鼠尾草的茎直立，高20-65厘米，单生或少数丛生，不分枝，钝四稜形，具沟，密被平展白色长绵毛。
南川鼠尾草的根肥厚，狭锥形，长2-6（15）厘米，径3-4毫米。
南川鼠尾草有两种变型：原变型 f. nanchuanensis 和居间变型 f. intermedia。
南川鼠尾草是一种一年生或二年生草本植物。