木里滇芎，多年生草本，高20-30厘米。
主根纺锤形。
茎直立，圆柱形，下部多分枝，上部不分枝或少分枝，基部常残留褐色的纤维状叶鞘。
基生叶和茎的下部叶有柄，柄长5-9厘米，边缘具窄翅或在下部扩大成鞘，叶片轮廓呈卵状长圆形，长3-4厘米，宽2.5-3厘米，1回羽状分裂，羽片1-4对，每对彼此相隔8-15毫米，下面的一对羽片卵形至长卵形，长1.5-2厘米，宽约1厘米，边缘呈齿状缺刻或羽状浅裂；
侧枝上的茎生叶常对生，长1.5-2.2厘米，叶柄呈鞘状，叶片3裂，羽状条裂或疏生缺刻。
复伞形花序顶生，主枝上的总苞片5-6，长1.5-2厘米，宽2-7毫米，下部楔形，上部疏生齿状缺刻或3分裂；
伞辐10-15，不等长，最长约达5厘米；
小总苞片3-4，披针形，与果柄近等长或稍长，全缘，有时在顶端2-3齿；
侧枝上的总苞片及伞辐均较小；
小伞形花序有花9-20；
萼齿不明显；
花瓣倒卵形；
花丝长约1毫米，花药卵形；
花柱基在果熟时呈圆锥形；
花柱短于花柱基，向外反曲。
果实卵形，长1.5-2毫米，宽1.8-2毫米，基部心形，表面绿色；
分生果主棱5，凸起；
心皮柄2裂，胚乳腹面近平直；
背面棱槽有油管3。
花果期10月。