云南马先蒿，多年生草本，稍稍升高，可达25厘米，干时不变黑。
根束生，常多数，多的达10余条，两端很细，中部膨大很多作纺锤形，长达6厘米，粗达4 毫米。
茎决不变黑，常为褐色，基部常有少数膜质鳞片，有条纹，有由卷曲短毛组成的毛线，在毛线这间完全光滑，无叶或仅具1叶。
叶多基生，有长柄，柄显然长于叶片，长4-7厘米，向基常多少变宽而膜质，无毛；
叶片卵状长圆形至长圆状披针形，在生于外方的基叶中常不发达而很小，内方者较大，长2-4.5厘米，羽状深裂至距中脉2/3处，裂片每边5-12枚，长1.5-9毫米，三角状卵形至卵状长圆形，缘有羽状小裂片或缺刻状大齿，裂片或齿有细齿，上面无毛，下面有网脉，脉上有疏毛，面上有时有白色肤屑状物。
花序短总状；
苞片叶状，下方者长于花，上部者略长于萼，为线状披针形；
萼管状或多少卵圆形，长达7-8毫米，管长约5毫米，前方开裂约1/3，厚膜质，主脉5条，细而清晰，次脉约7-8条，细而不相网结，外方脉上有多细胞长毛，齿5枚，后方1枚针形，全缘而较小，其他4 枚自三角形基部狭细成柄状，端多少膨大而有齿；
花梗长5毫米，在果中可达10毫米，有毛线；
花冠红色，管稍长于萼，盔直立部分前缘约高3.5-4毫米，约以直角转折成为多少镰形弓曲的舍有雄蕊部分与喙，前者几为平展，惟端多少向前下方，长约4.5毫米，自顶部起至额部前有狭鸡冠状凸起1条，在额部前最宽，后者自前者引伸而继续指向前下方，长达6毫米，下唇长过于盔，基部心脏形，宽过于长，长约9毫米，宽约14毫米，裂片亚相等，圆形，均有缘毛，中裂向前凸出一半；
花丝着生于花管中部，两对均有疏毛；
花柱略伸出于喙端。
蒴果卵状披针形，长12毫米，宽5毫米，有向前弯曲的凸尖。
花期6-9月。
