水泽马先蒿，多年生草本，根短，具有多少变粗的纤维状根。
茎单条，坚硬，无毛或花序及其轴上薄被卷曲长柔毛。
直立或微弯，基部具膜质鳞片，略长于基叶或较长2倍，高5-35厘米。
叶基M,者有柄，柄较叶片稍短或短2倍，轴上有狭翅，叶片光滑或在下部沿脉有卷毛，羽状全裂，裂片披针形，有胼胝质的短尖，羽状开裂，小裂片有胼胝质短尖及锯齿，茎生叶柄较短，向上渐小，形状相同。
花序紧密，在果时伸长达17厘米而变疏；
苞片疏被卷曲长毛，下部者与上叶同形，中部者线状披针形，羽状全裂，裂片有胼胝质短尖或具锯齿，上部者线形；
花梗在下部的花中长10毫米；
萼长10-14毫米，管状钟形，脉10条，有长毛，其间有网脉，齿5枚，不等，三角状披针形，缘有重锯齿或锯齿，短于管3倍；
花冠紫色，长20-25毫米，管长于盔1.5倍，盔多少镰状，前端下缘有短而钩状的齿1对，下唇较短于盔；
雄蕊花丝1对被毛或全部光滑。
蒴果长圆状披针形，长10-20毫米。
花期7-8月，果期8-9月。