丛根马先蒿，多年生草本，干时变为深黑色而有光泽，几全体无毛，高连花合计不及7厘米。
根茎短缩，生有成丛须根，根则未见。
茎基有少数宿存叶柄，不成大丛。
常2-4条。
叶几均为基生，柄长10-15毫米，有膜质之翅，叶片羽状深裂至全裂，长5-10毫米，宽2.5-4.5毫米，裂片5-6对，卵形，长1.5毫米，宽1毫米，有少数具刺尖的锐齿，因齿的反卷而视为钝圆。
花少数，每茎1-4枚，苞片单生或更多两两成假对生，叶状而校小，柄亦校短；
花梗长达4-10毫米，有毛线两条；
萼圆筒形，长7毫米，下部常有腺毛，上部多变光滑，开裂至中部以下，脉多条，主次几不分别，仅近萼齿处有极疏的网结，齿多变化，作种种结合，3枚或不完全5枚，后方1枚线形，校小很多，端不很膨大，其余较宽大，端膨大而有裂片，裂片有刺尖；
花冠酒红色，喉部有白斑，其管长22毫米，外面有毛，盔直立部分前缘高不及4毫米，约以直角转折向前成为长3.5-4.5毫米宽2.5毫米、向前平展的含有雄蕊部分，额不很高凸，与喙的上半部均有腺点状短毛，再向前郎渐细为长5-5.5毫米稍稍向下弓曲的喙，喙端显作2裂，下唇长9毫米，宽14毫米，基部心脏形，有缘毛，中裂为横置的肾脏形，宽达7.5毫米，基部两侧耳形而后渐狭为宽柄。
柄长2毫米，侧裂稍较大，为不整齐的纵置肾脏形；
雄蕊花丝有毛，前密后少。
花期6月。
