四川马先蒿，一年生草本，有中等程度的毛被，干时不变黑色。
根单条，垂直而向下渐细，老时木质化，生有少许斜伸的须状侧根，长达3厘米，或有时从中部以上分为数条较粗的支根而长达5厘米。
茎基有时有宿存膜质鳞片，其高一般20厘米左右。
但低矮的植株仅高10厘米，而高者则可达30厘米，有稜沟，生有4条毛线，毛在茎节附近及花序中较密，单条或自根颈上分出2-8条，侧生者多少弯曲上升，在正常情况下不分枝，尤其上部决不分枝。
叶在大小、形状与柄的长短上变化极大，下部者有长柄，柄一般长于叶片，在极小的植株中仅长7毫米，在大植株中长达2.5毫米，多少膜质，基部常多少膨大，生有白色长毛，中上部之叶柄较短至几无柄；
叶片长卵形经由卵状长圆形至长圆状披针形，长0.4-3厘米，宽2.5-10毫米，羽状浅裂至半裂，裂片5-11枚，多少卵形至倒卵形，两缘下部全缘，端圆钝而有锯齿，齿常反卷而有白色胼胝，两面有中等多少的白毛至几无毛。
花序穗状而密，或有一二花轮远隔，下部者相距达3.5厘米；
苞片下部者叶状，中上部者迅速变短，三角状披针形至三角状卵形，基部宽楔形而骤狭，有膜质无色之宽柄，生有长白毛，渐上渐变绿色而有美丽的网脉，端常有红晕；
萼膜质，无色或有时有红色斑点，多少种形，长4毫米左右，主次脉明显，10条，主脉常因两侧有不清楚的斜升支脉而变粗，在近萼齿处有少数横脉作网结，齿5枚，绿色，或常有紫红色晕，后方1枚三角形，最小，前侧方者披针形，后侧方者较宽多少三角状卵形至卵状披针形，缘多少有不明显的锯齿，连其三角形的基部共长1.5毫米；
花冠紫红色，长14-17毫米，管在基部以上约3.5毫米处经约以45°或偶有以较强烈的角度向前膝屈，上段约长6-7毫米，其上半节又稍稍向上仰起，向喉渐渐扩大，径达3.8毫米下唇长达7-8毫米，宽达10毫米，基部圆形，侧裂斜圆卵形，中裂圆卵形，端有微凹，仅略小于侧裂，其两侧为后者所盖迭，网纹细而不显著，边缘无啮痕状细齿，无细缘毛或极少微有缘毛，盔长以前缘计约5毫米，下半部向基渐宽，基部宽约2.6毫米，上半部宽约1.4毫米，仅极微或几不向前弓曲，额稍圆，转向前方与下结合成一个多少突出的三角形尖头；
花丝两对均无毛；
柱头多少伸出。
花期7月。
