菌生马先蒿，多年生草本，干时多少变黑，低矮，高5-9厘米，密被灰色短绒毛。
根茎短，仅数毫米，或有时稍稍伸长达1.5厘米，节简短，节上有膜质鳞片，由根茎节上及下端发出侧根1至5条，圆筒状纺锤形，肉质，细弱或有时变粗，径达3毫米，长2-4厘米，长者可达9厘米，须根不多。
茎少单条，多从根颈发出2-4条，基部常有少数卵形至披针形膜质鳞片，纤细柔弱，均弯曲上升，常下细上粗，无叶，被有褐色腺毛。
叶全部墓出，少数成疏丛，有时较密，叶柄长2-5.5厘米，厚膜质，扁平，沿中肋有狭翅，密被锈色短毛，叶片大小多变，长7-35毫米，宽3-13毫米，卵状长圆形至披针状长圆形，两面密被短柔毛，下面间有白色肤屑状物，边缘羽状全裂，裂片每边5-13枚，基部三角形，前方卵形至长圆形，一般稍有间距，但有时极相靠近而几无间距，或相隔达2毫米，缘有缺刻状圆齿或小裂片，常反卷。
花均腋生，假对生或有时单生，每一茎上1-3对，苞片下方1对很大，有长柄达1厘米，完全叶状，第二对与第三对花下者瞬即变小，均密被短绒毛；
花梗明显，常柔软弯曲，长可达13毫米，密被短绒毛；
萼为多少偏斜的管状钟形，厚膜质，长约10毫米，宽约3-4毫米，在果中常增大，前方稍开裂，密被短绒毛，主脉5 条，常由2-3条韧脉组成，不粗壮，次脉多数，6-8条，上半部略有疏网纹，沿萼齿边缘有横脉1条串连，齿5枚，后方1枚三角形有凸头，很小，其余4枚两大两小，端变厚而绿色，有反卷的圆齿；
花冠深血红色，长约25毫米，管伸直，长约11-13毫米，宽1.5-2毫米，无毛，盔直立部分内缘高约5-6毫米，其端向前以直角转折而成为多少变粗的合有雄蕊部分，长约6毫米，宽2.4-3毫米，向前平伸，前方急细成一长约5毫米的喙，喙向前下方直伸或多少弯指下方，顶端截形，下唇大，长约1.5厘米，宽约2厘米，无缘毛而有明显的啮痕状齿，中裂宽三角状卵形，始多少兜状，花盛开后几平舒，约半长向前凸出，侧裂大于中裂1倍，为斜椭圆形；
雄蕊着生于管基，前方1对有微毛；
子房卵圆形，长约3毫米；
柱头伸出。
蒴果卵圆形，渐尖，有短凸尖，长约1厘米，宽4-5毫米，黑色。
花期6-7月。
