穆坪马先蒿，多年生草本，于时略变黑色，高可达60厘米或更多，基部常有宿存的去年断茎。
根茎黑色无毛，长仅3-4厘米，多节，节上发生多数侧根，侧根长达12厘米，向端渐强，密被棕褐色伸张之毛；
茎单一或数条，粗者径可达4毫米，中空，有浅沟纹，沟四条，内生成行之毛，老时脱落，上部多分枝，枝常4条轮生，修长。
叶基出者颇大，有长柄，柄长达9厘米，略扁平而有条纹，几无毛，茎叶之柄较短或几无柄；
叶片薄而膜质，披针形至长圆状披针形，长达12厘米，宽达5.5厘米，除近端处为羽状深裂而叶轴有狭翅外，均为羽状全裂，且因羽片叶状有小柄而极象羽状复叶，羽片每边8-20枚，长2-30毫米，宽1.5-5毫米，线状披针形至长圆状披针形，羽状半裂至全裂，小裂片多少卵形至线状长圆形，锐头而有重锯齿，每边多者达10枚，其最下方的羽片有时仅有1对小裂片而为三角形；
茎叶较小，披针状椭圆形。
花序长短不一，长6-16厘米，花轮多少疏远，各含4花，上部者有时仅含2花；
苞片均叶状，有细柄，其片极似叶中的羽片，长过于萼；
花有梗；
萼长5.5毫米，钟形，前方开裂，有5枚短齿，齿狭三角形，常全缘，仅前侧方两枚较大，常在外缘有齿；
花冠紫色，管较萼长半倍或仅长少许，下唇大，长14毫米，有缘毛，卵形，中裂小而扁圆，侧裂很大，盔直立部分约与管等长，上端突然以直角转向前方而成地平方向，再向前伸长而为上翘之喙，两者共长12毫米，喙细长，约等于含有雄蕊的部分1倍有余；
雄蕊着生处及下部均有毛。
蒴果长9毫米，宽3.5毫米，卵状披针形，略作镰状弓曲。
花期8月。
