小萼马先蒿，低矮或略升高，10-40厘米。
根茎短或略伸长，长达2厘米；
根颈被有卵形的膜质鳞片数枚；
根丛生，纺锤形而肉质，长3-4.5厘米。
茎无毛或有成行之毛两条，筒单或自基部分枝，细而弯曲，仅生少数之叶。
叶有长柄，基出者少数而早枯，其柄长6-8厘米，茎生者少数，其柄长1.5-3厘米；
叶片上面无毛，下面有糠粃状物，长2.5-6厘米，宽1-1.5厘米，披针形，基部羽状全裂，向前部分均为羽状深裂，轴有翅，裂片8-10对，长5毫米，宽2-3毫米，长圆状披针形，自身亦有羽状浅裂及锯齿。
花总状，紫红色，下方者有长梗，梗长达10毫米，上方者梗仅1-3毫米，多挤集；
苞片叶状；
萼钟形，膜质，前方开裂至中部，长5.5毫米，宽2.5毫米，齿5枚，后方1枚宽披针形全缘，其余者披针形钝头，端有锯齿；
花冠之管约长于萼两倍，长6-9毫米，下唇3裂，缘有毛，宽11毫米，侧裂圆形，大于圆形的中裂两倍，盔几不膨大，其直立部分长3毫米，宽1.5毫米，与管等宽，以直角向前转折，含有雄蕊的部分地平安置，长5毫米，宽2毫米，前方突然狭缩为长5.5毫米的喙，喙稍稍向下，端分裂为两枚小裂片；
雄蕊着生于管的中部，花丝两对均无毛；
柱头略伸出。
蒴果披针形，端锐尖，长于萼两倍以上；
种子长圆状卵形，有细网纹。
花期6-8月。