滇东马先蒿，多年生草本，高10-30厘米，直立，老时木质化，干时不变黑色。
根茎肉质，少数，多少萝卜形，细根须状而疏，生于根颈上。
茎单出，简单或在上部分枝，生有羊毛状密毛，圆筒形。
叶肉质，互生，多毛，下部者有短柄，上部者无柄，柄长不过5毫米，极少达10毫米者，扁平，有时两边有翅，密被短柔毛；
叶片长20-25毫米，宽8-12毫米，卵状长圆形，钝头，基部广楔形或圆形，边缘羽状开裂，裂片约7-9对，钝头，缘有具胼胝的锯齿而常反卷。
花序短穗状，约含花6-10朵，生于茎枝之端；
苞片与萼等长或稍长，基部扩大，无柄，长约10-14毫米，宽5-7毫米，下半全缘，质较薄，被有疏毛，上半质较厚，密被棉毛，有反卷的重锯齿；
花几无梗；
萼长10-11毫米，圆筒形而上方因前方开裂而稍扩大，膜质，主脉4条。
以网脉联结，有长柔毛，齿2枚，长约为萼筒的1/4，圆形，有反卷的浅齿，被有密毛；
花冠紫红色，长20-25毫米，管的长短不很一致，长8-11毫米，与萼筒等长或稍较长，最多略长于萼齿，伸直而其脉理显示略向左扭旋，上部稍扩大，盔长13-15毫米，长于管，下部与管同一指向或微向后仰，中部以上转向前上方，在额部转向前下方而为长约1.5毫米的短喙，喙端二裂而有啮痕，下唇长于盔，长约13-14毫米，宽约11-13毫米，以锐角张开，裂片侧片大于中片，全形为倒卵形而前半部则为宽三角状卵形，约以与下唇在裂片基部的中线成为45°角指向斜侧方，中裂较小，广卵形，几不向前凸出，两侧的大部分均迭置于侧裂之下，其两侧后方有褶襞两条通向花喉，由于此褶襞而使侧裂指向外方，而其内缘几成为下唇的前缘，故下唇很象截头；
雄蕊着生于管的基部，花丝两对均无毛；
花柱稍伸出于盔端。
花期9月。