细管马先蒿，多年生草本，高4-6厘米，极少达15厘米，干时变为黑色，无毛或有短柔毛。
根茎密生卵形尖头的鳞片，下方多少变粗而为肉质，有分枝，粗达4毫米。
茎多数成密丛，细而柔弱。
叶密而多，基出者与茎生者相似，互生，有长柄，柄长0.2-4厘米，常长于叶片，纤细，几无毛；
叶片膜质，无毛或上面略有短硬毛，披针状长圆形，长2.5-3.5厘米，宽0.7-2厘米，羽状全裂，裂片每边4-6枚，其间的简隔约与裂片宽度相等，裂片卵形至卵状长圆形，宽可达5毫米，锐头，基部两侧不等而连着于叶轴，有深锐锯齿。
花腋生，疏稀；
花梗细柔，长可达1厘米；
萼长圆筒状，口略扩大，前方不裂，长7-10毫米，被短柔毛，除较宽而不很高凸的5条主脉外，尚有次脉5-7条，无网脉，齿5枚，近于相等，基部三角形，连于萼管，向上渐强，至中部以上处膨大为卵形，有锯齿或近于全缘；
花冠紫色，长7厘米，管长而细，长达6.5厘米，外面有短柔毛；
盔自直立部分基部至顶约高6毫米，以过于直角的角度转折向前而略向下，前方渐细为喙，无含有雄蕊部分与喙之分，共长约9毫米，略作镰状弓曲，下唇长约1厘米，宽约1.3厘米，边缘无毛，基部心胜形，其侧片的基部已超过盔的背缝线而向后凸出，中裂不很向前伸出，为圆卵形而微锐，其与侧裂所组成的两个缺口深而分明；
雄蕊着生于管的顶端，花丝两对均无毛；
子房卵圆形，柱头不伸出。
花期6-7月。
