水晶兰的叶片鳞片状，直立，互生，长圆形或狭长圆形或宽披针形，长1.4-1.5厘米，宽4-4.5毫米。
水晶兰多年生，草本，腐生；茎直立，单一，不分枝，高10-30厘米，全株无叶绿素，白色，肉质，干后变黑褐色。根细而分枝密，交结成鸟巢状。叶鳞片状，直立，互生，长圆形或狭长圆形或宽披针形。花单一，顶生，先下垂，后直立，花冠筒状钟形，苞片鳞片状，与叶同形；萼片鳞片状，早落；花瓣5-6，离生。雄蕊10-12，花丝有粗毛，花药黄色。蒴果椭圆状球形，直立。
除了中国，水晶兰还分布在苏联、日本、印度、东南亚、北美。
水晶兰的花期是8-9月，果期是（9-）10-11月。