矮黄堇，丛生草本，高2-5厘米，具主根。
茎近基部分枝，具叶。
基生叶多数，长2.5-5厘米，具长柄；
叶柄扁，基部宽约2毫米，向上渐狭；
叶片长圆状三角形，约长1厘米，宽8毫米，二回至近三回羽状全裂，末回裂片狭披针形，约长2-3毫米，宽0.5毫米，渐尖。
茎生叶与基生叶同形，较小。
总状花序具5-10花，伞房状。
苞片叶状，具柄，下部的长约2.5厘米，三裂或近二回三裂。
花梗长约5毫米。
花黄绿色，顶端暗紫色，先直立，后近平展。
萼片半圆形，长约1毫米，具齿。
外花瓣具浅鸡冠状突起。
上花瓣长约1厘米；
距圆筒形，约与瓣片等长，末端稍下弯；
蜜腺体近伸达距末端。
下花瓣长约7毫米，瓣片具圆齿；
爪较宽展，长约4毫米。
柱头近扁四方形，2裂，具6短柱状乳突，基部稍下延，具双生乳突。
蒴果倒卵形、约长5毫米，宽3毫米，反折，藏于苞片中。
种子边缘具小凸点，种阜帽状。
