短莛黄堇，丛生石生草本，高约9厘米，具主根。
茎极短，花葶状，无叶，长约2.5厘米。
基生叶长约9厘米，具长柄，二回羽状全裂，一回羽片约5枚，具短柄，二回羽片约3枚，无柄，倒卵圆形，约长9毫米，宽6毫米，三深裂，裂片长圆状披针形，长约4-5毫米。
总状花序密具5-6花。
苞片披针形，长5-6毫米。
花梗长约5毫米，果期常伸长达2厘米。
花黄色，近直立。
萼片卵圆形，长约2毫米。
外花瓣宽展，渐尖，无鸡冠状突起。
上花瓣长约1.2厘米；
距短，圆钝，约占花瓣全长的1/4。
下花瓣长约8毫米，基部变狭。
内花瓣具粗厚而伸出顶端的鸡冠状突起。
子房卵圆形，具长的花柱；
柱头2叉状分裂，各枝顶端具2乳突。
蒴果卵圆形，约长6毫米，宽4毫米，具长6毫米的宿存花柱。