木里黄堇，丛生草本，高30-40厘米，具多数棒状肉质须根。
茎多数，发自基生叶腋，具叶分枝，基部较纤细，稍弯曲。
基生叶多数，约长达茎的1/2；
叶柄稍短于叶片，边缘近膜质；
叶片二回羽状全裂；
一回羽片9-11枚，具短柄至近无柄；
二回羽片3-5枚，无柄，卵圆形，三深裂，裂片披针形至倒卵圆形，约长3-5毫米，宽2毫米。
茎生叶与基生叶同形，具柄至无柄。
总状花序长圆形或近球形，约长2-3厘米，宽2厘米，多花，密集。
苞片长于花梗，下部的叶状或楔形掌状分裂，约长1厘米，宽6毫米，其余的较小，匙形，三裂，具柄，有时顶端的全缘。
花梗长约5毫米。
萼片近圆形，直径约2毫米，具齿。
花黄绿色，顶端带紫色，近平展。
上花瓣长1.2-1.3厘米，渐尖，具高而稍伸出顶端的鸡冠状突起；
距钩状弯曲，蜜腺体长达距的2/3。
下花瓣较宽展，基部多少具囊。
内花瓣近琴形；
爪细，约与瓣片等长。
雄蕊束披针形，上部缢缩成丝状。
子房狭长圆形，约与花柱等长；
柱头近四方形，2裂，具8乳突。
蒴果未见。