贡山紫堇，多年生无毛草本，高30-60厘米。
根茎粗约3毫米，先端具加厚的肉质鳞片和叶柄残基。
茎直立，上部具直立的分枝。
基生叶具长柄，叶片未见。
茎生叶5-6枚，叶柄长4-5厘米，叶片轮廓兰角形，长5-6厘米，宽5-6厘米，二回三出分裂，第一回裂片具短柄，圆形，3深裂或2-3锯齿，小裂片卵形或近长圆形。
总状花序6-8花，排列稀疏；
苞片圆形，具短柄，下部者分裂，上部者较小、具深齿；
花梗纤细，长约1厘米，与苞片近等长或稍短。
萼片肾形，长约0.5毫米，宽1-1.5毫米，边缘具流苏状齿；
花瓣淡黄绿色，上花瓣长2-2.5厘米，花瓣片具短和狭的鸡冠状突起，距狭圆筒形，约占上花瓣长的1/2,蜜腺体贯穿距的2/3,下花瓣长约1.1厘米，具短和狭的鸡冠，内花瓣长约1厘米；
柱头具10个乳突（顶端中央具2个乳突，两侧边具2对和基部具2对乳突）。
