粗距紫堇，直立草本，高15-35厘米。
须根数条，纤细，下部极狭的纺锤状增粗。
茎单1，不分枝，上部具叶，基部丝状。
基生叶1枚，叶柄长8-12厘米，叶片三回三出分裂，小裂片线状披针形，长约2厘米，宽1-2毫米，先端急尖，纵脉在背面凸起，无毛；
茎生叶2枚，互生于茎上部，具短柄或近无柄，叶片一回奇数羽状全裂，裂片2-3对，顶生裂片具短柄，长圆状披针形，全缘或稀3浅裂，较宽，侧生裂片近无柄，线状披针形，长3-5厘米，宽0.3-1.3厘米，全缘，先端均具尖头。
总状花序多花，长达8厘米，先密后疏；
苞片下部者掌状浅裂，上部者线状披针形，全缘；
花梗纤细，花时比苞片短，果时延长。
萼片鳞片状，极小，边缘流苏状；
花瓣黄色，上花瓣长1.2-1.5厘米，花瓣片舟状卵形，先端钝，背部鸡冠状突起高1.5毫米，自先端开始延伸至距中部消失，边缘浅波状，距圆筒形，漏斗状弯曲，末端圆，与花瓣片近等长，下花瓣舟状倒卵形，长0.8-1厘米，背部鸡冠状突起高且短，具短爪，基部稍弯曲，内花瓣提琴形，长6-7毫米，花瓣片长圆形，具1侧生囊，基部微缺刻，爪楔形，长于花瓣片；
雄蕊束长5-6毫米，花药极小，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的2/3；
子房线形，长约3毫米，花柱与子房近等长，柱头2浅裂。
果未见。
花期6-7月。
