昌都紫堇，稍粗壮弯曲草本，高(10-)20-30厘米。
须根多数成簇，棒状增粗。
茎3-5，上部粗壮，具疏离互生的叶，每叶腋具1分枝，下部裸露，近基部变细。
基生叶未见；
茎生叶3-5枚，下部叶具长约3厘米的柄，上部叶具极短柄，基部略扩大成狭鞘，叶片轮廓宽卵形，长6-10厘米，三回羽状分裂，第一回裂片4-5对，近对生，疏离，下部者具长柄，上部者无柄，第二回具短柄或无柄，2-3深裂或浅裂，末回裂片狭椭圆形或倒披针形，先端尖，表面暗绿色，背面具白粉。
总状花序生于茎和分枝先端，长达8厘米，多花，密集；
苞片全部掌状分裂，裂片线形；
花梗略粗壮，稍短于苞片。
萼片鳞片状，近心形，边缘撕裂状；
花瓣纯黄色，上花瓣长2.3-2.5厘米，花瓣片舟状卵形，先端急尖，背部鸡冠状突起高1-1.5毫米．超出瓣片先端并延伸至其末端，边缘具不规则的缺刻，距圆筒形，约长于瓣片3倍，略下弯，下花瓣舟状长圆形，长约1厘米，鸡冠状突起较上花瓣的短，中部缢缩，下部呈囊状，内花瓣提琴形，长0.7-0.8厘米，花瓣片倒卵状长圆形，具1侧生囊，爪线形，与花瓣片近等长；
雄蕊束长约0.7厘米，花药极小，花丝披针状椭圆形，蜜腺体贯穿距的1/3；
子房狭椭圆形，长约3毫米，胚珠约10枚，排成2列，花柱稍长于子房，柱头双卵形，上端2裂，具2乳突，两侧基部下延。
果未见。
花期7月前后。
