丽江柴胡，多年生草本，高60-100厘米。
根长，略增粗，黑褐色，木质化，有少数分枝。
茎直立，有时带紫红色，圆柱形，有细纵棱，茎上部有稀疏的短分枝。
叶质较厚，有时带红棕色，全部有红色增厚的边缘，基生叶线状长圆形，长10-15厘米，宽8-10毫米，基部渐狭成为叶柄，叶鞘扩大抱茎，顶端略钝，有小短尖头，11脉；
茎生叶卵状披针形或卵状长椭圆形，顶端急尖或钝圆，茎上部叶广卵形或近圆形，顶端钝尖，边缘紫色。
花序梗长而挺直，长3-7厘米，顶生花序直径6-8厘米；
总苞片1-3，绿色有时带红色，卵状椭圆形，不等大，长7-20厘米，宽5-10毫米，顶端圆钝，有小突尖头，基部圆，9-11脉；
顶生花序伞辐8-12，侧生的伞辐3-7，不等长，长1-4厘米；
小伞形花序直径6-9毫米；
小总苞片5，有时带红色，椭圆状倒卵形，顶端急尖，长3.5-5毫米，宽1.5-2.5毫米，长等于或超过花时小伞形花序，而短于果时小伞形花序；
小伞形花序有花10-12；
花柄长1-1.5毫米；
花瓣黄色，顶端内折处平坦；
花柱基宽过子房。
果实成熟时红棕色，卵形，长4-5毫米，宽2.2-2.6毫米，每棱槽中油管3，合生面4。
花期7-8月，果期9-10月。
