丽江紫菀，多年生草本，根状茎短，上端粗壮，有数个簇生的莱菔状向下渐细的块根。
茎直立，高3-35厘米，纤细，单生或与莲座状叶丛丛生，常紫色，被开展的长毛和紫色腺毛，中部以上常无叶。
基部叶密集，在花期生存，倒卵圆形，菱形或长圆形，基部急或渐狭成长或短柄，长1.5-7厘米，宽0.5-1.7厘米，近全缘，顶端急尖或圆形；
中部叶卵圆形或线状披针形，无柄；
全部叶上面被密或密的或近边缘较密的长毛，下面被密毛或仅沿脉被疏毛，有或稀无缘毛，有离基三出脉及2-3对侧脉。
头状花序在茎端单生，径2.5-5厘米。
总苞半球状，径1-2厘米；
总苞片2-3层，近等长，披针形，长8-10毫米，宽2-3毫米，顶端急尖或渐尖，草质，紫绿色，背面及边缘有紫褐色腺毛，基部有长密毛。
舌状花约30-50个，蓝紫色，稀浅红色；
舌片长15-20毫米，宽2-3毫米，顶端尖，常有2齿；
管状花长几达5毫米，上部紫褐色，有短腺毛或近无毛；
管部长1-1.5毫米；
裂片长1.5毫米；
花柱附片0.5毫米。
冠毛2层，外层短膜片状，白色；
内层长4-5毫米，有白色或污白色微糙毛。
瘦果长圆形，长达3毫米，被白色疏毛或绢毛。
花果期6-8月。
