高山紫菀的头状花序在茎端单生，径3-3.5或达5厘米。
高山紫菀的下部叶在花期生存，匙状或线状长圆形，长1-10厘米，宽0.4-1.5厘米，渐狭成具翅的柄，有时成长达11厘米的细柄，全缘，顶端圆形或稍尖。
高山紫菀的根状茎粗壮，有丛生的茎和莲座状叶丛。
原变种var. alpinus茎高10-20厘米，有时达30厘米，头状花序径3-3.5厘米。