高山紫菀的茎直立，高10-35厘米，不分枝。
蛇岩变种 var. serpentimontanus 的茎高10-20厘米，有时达35厘米。头状花序径3.5-5.5厘米。
高山紫菀的总苞片2-3层，等长或外层稍短。
原变种var. alpinus茎高10-20厘米，有时达30厘米，头状花序径3-3.5厘米。