秦岭当归，根圆锥形，高60-130厘米。
茎直立，中空，淡绿色，近无毛，上部分枝。
基生叶有长柄，三出全裂或羽状3小叶，中间小叶菱状倒卵形，有短柄，长7-13厘米，宽5-9厘米，侧小叶宽卵形，常有1-2浅裂，顶端有短渐尖头，基部截形、短楔形或浅心形，有柄或无柄，边缘有不整齐粗锯齿；
茎生叶有柄，三出式至二回三出羽状全裂，小叶与基生叶同形，有柄；
茎上部叶简化为3深裂或仅有狭长圆筒状叶鞘。
复伞形花序顶生及侧生；
花序梗长6-12厘米，无总苞；
伞辐20-25，极不等长，果期长达8厘米，略下弯；
小总苞片6-8，披针状线形，长5-8毫米；
小伞形花序有花25-35，花柄纤细，长达1厘米（果期达1.8厘米）；
萼齿细小；
花瓣宽倒卵形，花序外缘的花瓣略大，长1.8-2.2毫米，凹陷处有内折的小舌片；
花柱基短圆锥状，比花柱短2倍。
果实长圆形或近圆形，长3-6毫米，宽3-4毫米；
分生果背棱有极狭翅，显著隆起。
每棱槽内有油管2-3，合生面油管4，油管紧连于种皮上。
花期8-9月，果期9-10月。
