深山堇菜，多年生草本，无地上茎和匍匐枝，高5-16厘米。
根状茎细，长1-4厘米，有时可达10厘米，具较长的节间和不明显的节，生多条白色细根。
叶基生，通常较多，呈莲座状；
叶片薄纸质，心形或卵状心形，长1.5-5厘米，宽1.3-3.5厘米，果期长约6厘米，宽约4厘米，先端稍急尖或圆钝，基部狭深心形，两侧垂片发达，边缘具钝齿，两面疏生白色短毛；
叶柄长2-7厘米，果期长可达13厘米，有狭翅，疏生白色短毛；
托叶淡绿色，1/2与叶柄合生，离生部分披针形，边缘疏生具腺体的细齿。
花淡紫色，具长梗；
花硬长4-7厘米，稍超出或不超出于叶，无毛，通常在中部有2枚小苞片；
小苞片线形，长约5-7毫米，边缘疏生细齿；
萼片卵状披针形，长6-7毫米，先端急尖，具狭膜质缘，有3脉，基部附属物长圆形，长约2毫米，末端具不整齐的缺刻状浅裂并疏生缘毛；
花瓣倒卵形，侧方花瓣无须毛，下方花瓣连距长1.5-2厘米；
距较粗，长5-7毫米，粗2-3毫米，末端圆，直或稍向上弯；
子房无毛，花柱棍棒状，基部稍向前膝曲，上部明显增粗，柱头顶部平坦，两侧具窄缘边，前方具明显短喙，喙端具向上柱头孔。
蒴果较小，椭圆形，长6-8毫米，无毛，先端钝。
种子多数，卵球形，长约2毫米，直径约1.1毫米，淡褐色。
花果期5-7月。
