苦马豆的总状花序常较叶长，长6.5-13（17）厘米，生6-16花；花冠初呈鲜红色，后变紫红色。
苦马豆的花期为5-8月，果期为6-9月。
苦马豆的荚果椭圆形至卵圆形，膨胀，长1.7-3.5厘米，直径1.7-1.8厘米，种子肾形至近半圆形，长约2.5毫米，褐色。
苦马豆的茎直立或下部匍匐，高0.3-0.6米，稀达1.3米；枝开展，具纵棱脊，被疏至密的灰白色丁字毛。