居间变种与原变种不同在于植株较高大，叶卵圆形、椭圆形至长圆形，茎中部者长3-3.5厘米，宽1.1-2（2.5）厘米，边缘疏生圆齿状锯齿但常全缘，花较小，长2.5-3厘米。
灰岩黄芩的学名是Scutellaria forrestii Diels。
灰岩黄芩的花冠深蓝色，长3.2-3.5（3.7）厘米，外密被具腺小疏柔毛，内面无毛；冠筒近基部前方囊状膨大呈膝曲状。
灰岩黄芩的茎直立，高15-20（25）厘米，四棱形，具四槽，具条纹，下部粗约2毫米，密被平展白色具节疏柔毛。