居间变种与原变种不同在于植株较高大，叶卵圆形、椭圆形至长圆形，茎中部者长3-3.5厘米，宽1.1-2（2.5）厘米，边缘疏生圆齿状锯齿但常全缘，花较小，长2.5-3厘米。
灰岩黄芩的雄蕊有4个，二强；花丝扁平，下部被小纤毛。
灰岩黄芩的叶子草质，下部者变小，近圆形，长宽约1厘米，上部者较大，宽卵圆形，长1.6-2.5厘米，宽1.4-2.2厘米，先端钝或圆形，基部浅心脏形，边缘有圆齿状锯齿。
灰岩黄芩的花序顶生，长4.5-8厘米，总状花序，花对生，花梗长约3毫米，与序轴密被平展具节疏柔毛。