灰岩黄芩的原变种分布于云南西北部，生于海拔3100-3400米的石灰岩上高山栎丛及落叶松林中。
深蓝色
灰岩黄芩的雄蕊有4个，二强；花丝扁平，下部被小纤毛。
灰岩黄芩的花冠深蓝色，长3.2-3.5（3.7）厘米，外密被具腺小疏柔毛，内面无毛；冠筒近基部前方囊状膨大呈膝曲状。