长冠鼠尾草的能育雄蕊有2个，稍外伸，花丝长2-3毫米，药隔近伸直，长3-4毫米，上臂稍长，下臂顶端稍膨大，且彼此联合。
长冠鼠尾草的小坚果长圆形，长约2.5毫米，腹面具稜，顶端圆，淡褐色，稜棕褐色。
5-8月
长冠鼠尾草的花冠颜色有红色、淡紫色、紫红色、紫色至紫蓝色，稀为白色。