异色鼠尾草，多年生草本；
根茎被有宿存的老叶叶鞘，其下生出黑褐色肥厚条状根。
茎1（2），四稜形，具条纹，黑褐色，四面被浅褐色疏柔毛，上部毛被较密，下部变近无毛，不分枝。
叶片椭圆状卵圆形，长4-13厘米，宽2.5-10厘米，先端钝或近圆形，基部浅心形或近截形，边缘具粗重圆齿，齿具小尖头，薄纸质，上面干时绿褐色，无毛，下面被灰白色蛛丝状绒毛和极小的腺点，中脉和侧脉黄褐色；
叶柄长1-22厘米，基部鞘状，基出叶柄最长，茎生叶柄渐次向上变短，黑褐色，被疏柔毛，后变无毛。
轮伞花序2-6花，疏离，组成长约17厘米的顶生总状花序，有时此花序下部具1-2长5-8厘米的短枝，因此组成总状圆锥花序；
苞片在下部的呈叶状，具齿，较花萼长，向上则逐渐变小，最上部的比花萼短很多或与花梗近等长，先端锐尖或裂为2短尖，基部楔形或近圆形，全缘，上面近无毛或略被疏柔毛，下面被蛛丝状柔毛，边缘被长柔毛；
花梗长3-6毫米，与花序轴密被浅褐色绢状长柔毛及具腺疏柔毛。
花萼钟形，长10-15毫米，外被具腺的疏柔毛及疏布腺点，内面满布微硬伏毛，二唇形，唇裂达1/3或以上，上唇宽三角状卵圆形，全缘，先端具短尖头或三小齿，下唇半裂成二齿，齿卵圆状三角形，先端锐尖。
花冠蓝紫或暗紫色，长2.5-3厘米，冠筒自基部稍长筒形，略之字形向前伸，在腹部突然膨大，并向上弯，外被白色蛛丝状疏柔毛，内面离基部4毫米处具近水平向连续的疏柔毛毛环，冠檐二唇形，上唇宽卵圆形，长约9毫米，先端微凹，具缘毛，外被具腺的疏柔毛，下唇较上唇略长，3裂，中裂片较大，倒心状圆形，长约1厘米，宽约2厘米，无毛，浅波状，侧裂片倒卵圆形，具短缘毛。
能育雄蕊2，伸至上唇片下，花丝长约3毫米，药隔成半环形，长约5毫米，下臂与上臂等长，下药室较上药室小，顶端联合。
花柱与花冠等长，先端不相等2浅裂。
花盘前方微膨大。
小坚果圆卵形，暗褐色，无毛，长约4毫米。
花期9月。
