矮慈姑,一年生,稀多年生沼生或沉水草本。
有时具短根状茎;
匍匐茎短细,根状,末端的芽几乎不膨大,通常当年萌发形成新株,稀有越冬者。
叶条形,稀披针形,长2-30厘米,宽0.2-1厘米,光滑,先端渐尖,或稍钝,基部鞘状,通常具横脉。
花葶高5-35厘米,直立,通常挺水。
花序总状,长2-10厘米,具花2 (-3) 轮;
苞片长2-3毫米,宽约2毫米,椭圆形,膜质:花单性,外轮花被片绿色,倒卵形,长5-7毫米,宽3-5毫米,具条纹,宿存,内轮花被片白色,长1-1.5厘米,宽1-1.6厘米,圆形或扁圆形;
雌花1朵,单生,或与两朵雄花组成1轮,心皮多数,两侧压扁,密集成球状,花柱从腹侧伸出,向上;
雄花具梗,雄蕊多,花丝长短、宽窄随花期不同而异,通常长1-2毫米,宽0.5-1毫米,花药长椭圆形,长约1-1.5毫米。
瘦果两侧压扁,具翅,近倒卵形,长3-5毫米,宽2.5-3.5毫米,背翅具鸡冠状齿裂;
果喙自腹侧伸出,长1-1.5毫米。
花果期5-11月。
2n=22。