柄花茜草的模式标本采自云南丽江。
柄花茜草的叶柄有直棱，有倒生皮刺，长1-5厘米左右。
柄花茜草的果实为浆果，球形，单生或孪生，直径约4-5毫米，成熟时黑色。
柄花茜草的花冠紫红色或黄白色，干时常变褐色，杯状，外面通常稍被短硬毛，冠管高约0.8-1毫米，裂片5，卵形至披针形，长约1-1.5毫米，强烈反折，顶端尾尖至短渐尖，有3脉，里面密被小乳突。