柄花茜草的花冠紫红色或黄白色，干时常变褐色，杯状，外面通常稍被短硬毛，冠管高约0.8-1毫米，裂片5，卵形至披针形，长约1-1.5毫米，强烈反折，顶端尾尖至短渐尖，有3脉，里面密被小乳突。
柄花茜草的花序腋生和顶生，聚伞花序排成圆锥花序式，主轴和分枝均有直棱，被短糙毛或近无毛，通常比叶长；小苞片披针形或近卵形，长3-5毫米，渐尖或短尖，多少被糙毛，很少近无毛。
柄花茜草的叶子形状包括狭披针形、披针形、卵形、长圆状卵形、阔卵状近圆形。
柄花茜草的模式标本采自云南丽江。