长茎囊瓣芹，多年生草本，高20-65厘米。
根纺锤形，棕褐色。
茎单生或2个，无毛，有条纹，茎上部有1-5分枝。
无基生叶，茎下部和中部有1-2叶片，叶柄纤细，长可达9厘米，基部膨大成鞘，叶片阔卵形，长2-5厘米，宽1.5-3厘米，1-3回三出分裂，两侧的裂片通常呈半圆形至广椭圆形或卵形，3裂，下部的裂片倒卵形、楔形或卵形，顶端的裂片长楔形、长方状披针形或长方状卵形；
茎上部的叶片与茎中部和下部的叶片同形，较小，无柄或有短柄，全部裂片沿叶脉两侧有细刚毛。
复伞形花序无总苞；
伞辐4-20，不等长，长1-4厘米；
小总苞片2-3；
小伞形花序有花2-3；
萼齿狭窄，近于线形；
花柱基短圆锥形，花柱直立。
果实圆卵形，每棱槽内油管1-3。