羊齿囊瓣芹，多年生草本。
根茎纺锤形，棕褐色。
茎1-2，高25-40厘米，不分枝或茎中上部有1-2个分枝。
基生叶有柄，叶柄长3-7厘米，叶片三出分裂，裂片扇形，中下部3深裂，边缘有缺刻状锯齿，或近于三出式的2回羽状分裂，裂片披针形；
茎生叶1-2回三出分裂，无柄或有短柄，裂片线形伸长。
复伞形花序顶生或侧生，无总苞；
伞辐7-24，开展，长2-4厘米；
小总苞片2-3个；
小伞形花序有花2-3；
萼齿细小；
花柱和花柱基短缩。
果实长卵形，长约3毫米，宽约1毫米；
每棱槽中油管1-2。
