异叶囊瓣芹，多年生草本，植株细柔、光滑、高15-30厘米。
根茎纺锤形，长1-5厘米，径2-4毫米，棕褐色。
茎不分枝，或中上部有1-2分枝。
基生叶有柄，长3-10厘米，基部有阔卵形膜质叶鞘，叶片三角形，三出分裂，裂片扇形或菱形，长与宽约1厘米，中下部3裂，边缘有锯齿，或2回羽状分裂，裂片线形，披针形，全缘或顶端3裂；
茎生叶1-3，无柄或有短柄，1-2回三出分裂，裂片线形，长2-5厘米，宽1-2毫米。
复伞形花序顶生或侧生，无总苞；
伞辐通常10-20，长1-2厘米；
小总苞片1-3，线形；
小伞形花序有花1-3，通常2；
萼齿钻形或三角形，直立，大小不等；
花瓣长卵形，顶端不内折；
花柱基圆锥形，花柱直立，较长。
果实卵形，长约1.5毫米，宽1毫米左右，有的仅1个心皮发育，每棱槽内有油管2，合生面油管4。
花果期4-9月。
