骨缘囊瓣芹，多年生草本，植物体绿色稍泛白。
主根发达，棕褐色，长圆柱形，长可达10厘米以上，径约3毫米，支根少而细，根茎圆柱形或迂曲盘结，长约5厘米，径约5毫米，有节，节间一般短而密。
茎1-3个，纤细，高3-25厘米，不分枝，或仅上部有1-2分枝。
基生叶有长柄，长3.5-25厘米，基部有淡黄色宽膜质叶鞘，叶片三出式羽状分裂，所有的小羽片有柄，阔卵形，两侧的小羽片2-3裂，顶端的小羽片3裂，近薄革质，长2-3厘米，宽1-3厘米，基部截形，边缘有锯齿，齿端有小尖头，叶脉及叶缘骨质状，有刺毛；
茎生叶通常1，与基生叶同形，较小，有短柄，基部有长椭圆形的膜质叶鞘。
复伞形花序无总苞；
伞辐不等长；
小总苞片2，披针形，近等长；
花瓣白色，倒卵形至广卵形，顶端凹缺，有内折小舌片；
花柱基短圆锥形，花柱伸长，直立。
果实广卵形，果棱上有丝状细齿。