阴郁马先蒿的茎中空，有纵条纹，沿纹有毛，上部较密，不分枝。
阴郁马先蒿的花期是7-8月。
阴郁马先蒿的萼片狭钟形，常被密毛，有时几光滑，齿多变，有时几相等，有时后方一枚较小。
阴郁马先蒿的叶子线形至线状披针形。