花期为6-8月，果期为8-9月。
蒴果卵形，扁平，两室很不相等，长约12-16毫米，宽约4-6毫米，顶端渐尖，基部被宿萼所斜包。
根垂直向下，长约6厘米，直径约2-2.5毫米，近肉质，无侧根，须根纤维状多数，散生。
扭旋马先蒿在亲缘上与大卫氏马先蒿最相近，分布区域也主要在甘肃南部与四川北部。