金黄马先蒿，多年生草本，干时不变黑色，高可达30厘米。
根茎紫黑光滑，多少鞭状，然不很长，节间很短，生有三角状卵形的小鳞片，在节上发出粗线状的须状根，长达6厘米，幼时密被浅黄褐色伸展的长毛，但不久毛即脱落而留存不多。
茎细弱，有深刻的纵沟纹，几无毛，上部常有分枝，节疏远，分枝细柔，对生。
叶对生，或有时偶有互生现象，有长柄，柄基部常在茎上向下延伸以形成茎的沟纹，长可达4厘米，有翅状之稜角；
叶片卵形至卵状披针形，羽状全裂，或近端处为羽状深裂，羽片5-7枚，近叶基者常有小柄而为叶状，小柄长达4毫米，小叶片长圆状披针形至卵形，大者长达20毫米，宽达10毫米，羽状深裂，裂片多少卵形钝头，有具刺尖的重锯齿，两面无毛，背面网脉清晰，上部之叶渐小而为苞片。
花几不成花序，有时几从茎的基部叶腋即开始生长，每节两枚，有短柄；
萼长约3.5-4毫米，前方不裂，漏斗状狭钟形，常有红晕，齿5枚，三角形全缘；
花冠约长1.3厘米，管约为萼的两倍，宽约3.5-4毫米，下唇长3.6毫米，裂片3枚，侧裂披针形锐头，中裂略作倒卵形，前方截头而微凹，中裂后面有高凸的褶襞两条，通向花喉，高达0.7毫米，盔部在花初开时相当强烈地前俯，在盛开时几伸直，基部略狭于管部，上部多少向端渐狭，仅有极细而不清晰的毛；
花丝稍有毛，柱头始不伸出，后来愈伸愈长达3毫米。
蒴果斜三角状披针形，基部圆而向端渐尖，长达9-11毫米，端有小凸尖，基部为宿萼所包围。
花期7月。
