马尔康滇紫草，多年生草本，高30-40厘米。
茎直立或斜升，多分枝，具开展的硬毛及短伏毛。
叶长圆形，长2-3厘米，宽5-10毫米，先端钝，基部楔形或圆形，上面绿色，具硬毛及伏毛，下面淡绿色，具短伏毛，叶脉生硬毛。
花序顶生及腋生，呈疏松而开展的圆锥状花序；
苞片披针形，长4-5毫米；
花梗长6-12毫米；
花萼长6-7毫米，裂片披针形，宽约1毫米；
花冠蓝紫色或紫色，长10-12毫米，基部直径1-2毫米，喉部直径6-7毫米，外面密生向上的糙伏毛，裂片宽三角形，长约2毫米，宽约3毫米，反卷；
花药侧面结合，长7.5-8毫米，内藏或仅不育先端稍伸出，不育先端长1-1.5毫米，花丝钻形，长3-4毫米，着生花冠筒基部以上2-2.5毫米处；
花柱无毛，长约12毫米；
腺体高约0.5毫米，具柔毛。
小坚果褐色，长约2.5毫米，密生小乳头突起及稀疏的疣状突起。
花果期6-8月。
