小花月见草的子房锥状圆柱形，长1-1.3厘米，径1.5-2毫米，被曲柔毛，混生稀疏的长柔毛与腺毛；花柱长2.5-5厘米，伸出花管部分长0.2-1厘米；柱头低于或围以花药，裂片长2.5-6毫米。
小花月见草的基生叶狭倒披针形或狭椭圆形，长10-25厘米，宽1-3.5厘米。
小花月见草的花期是7-9月，果期是10月。
小花月见草的茎高范围是30-150厘米。