小花月见草的蒴果锥状圆柱形，长2-4厘米，径3.5-5毫米，顶端渐狭，绿色，干时变黑色。
小花月见草的种子褐色或黑色，棱形，长1-1.6毫米，径0.5-1毫米，具棱角，各面具不整齐洼点。
小花月见草的茎生叶披针形至狭卵形或狭椭圆形，长5-16厘米，宽1-2.8厘米。
小花月见草的花期是7-9月，果期是10月。