花叶海棠与变叶海棠的区别在于花叶海棠的植株比较矮小，树皮较厚，枝条、叶片下面、花梗和萼筒都密被绒毛，叶片深裂，花和果实形状都比较小。
花叶海棠的变种与原变种的主要区别在于果实的形状，变种的果实长圆椭圆形或长圆卵形，而原变种的果实近球形。
花叶海棠的花期是5月，果期是9月。
花叶海棠的叶片卵形至广卵形，长2.5-5厘米，宽2-4.5厘米，先端急尖，基部圆形至宽楔形，边缘有不整齐锯齿，通常3-5不规则深裂，稀不裂。