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花叶海棠的变种与原变种的主要区别在于果实的形状，变种的果实长圆椭圆形或长圆卵形，而原变种的果实近球形。
花叶海棠的学名是Malus transitoria (Batal.) Schneid.
花叶海棠在植物分类学报第5卷中有记载。