异花珍珠菜，一年生草本，全体无毛。
茎通常多条簇生，花葶状，高10-14厘米。
基生叶莲座状簇生，倒卵形或倒披针形，长2-6厘米，宽1.5-2.5厘米，先端圆钝或稍锐尖，基部楔形，下延，边缘呈皱波状；
叶柄长5-15毫米，具狭翅；
茎叶少数，互生或有时近对生，卵形至披针形，无柄，先端锐尖或钝，基部圆形或心形，位于茎下部的长1.5-3厘米，上部的渐次缩小成苞片状。
总状花序顶生；
花梗纤细，长1-2.5厘米；
花萼长4-7毫米，分裂近达基部，裂片披针形，先端稍渐尖；
花冠淡紫色，筒状，长8-13毫米，分裂不超过中部，有时仅达全长的1/4，裂片长圆形，先端钝；
雄蕊和花柱有长短两型；
长花柱型：花柱长达8毫米；
雄蕊长7-10毫米，花丝基部合生成高1-2毫米的短筒；
花药长圆形或卵圆形，长0.5-1.5毫米；
花粉粒长球形[(26-29) × (19.5-21)微米］，表面具网状纹饰。
短花柱型：花柱长仅1-1.5毫米；
雄蕊长约2毫米，基部合生成浅环；
花粉粒较小[(16-17.5) × (14-16)微米]，表面网状纹饰较细密。
蒴果球形，直径约4毫米。
花期5-7月；
果期6-7月。
