短花珍珠菜，多年生草本。
茎高可达1米，钝四棱形，上部分枝，梢端和嫩枝密被褐色无柄腺体。
叶互生，披针形，长5-10厘米，宽8-20毫米，先端锐尖或稍渐尖，基部楔状渐狭，边缘微呈皱波状，上面深绿色，下面较淡，无毛，沿边缘有红褐色或黑色腺点，有时腺点极密，连结成条，侧脉每边4-5条，网脉在下面稍明显；
叶柄长1.5-3.5厘米，具极狭的草质边缘。
总状花序生于茎端和枝端，长8-13厘米，疏花；
花梗长5-7.5毫米，微具棱，果时长可达1厘米；
苞片钻形，稍短于花梗；
花萼长4-4.5毫米，分裂近达基部，裂片披针形，先端渐尖，边缘膜质，背面有4列褐色纵腺条；
花冠淡紫红色，短于花萼，长约3.5毫米，合生部分长1.5毫米，裂片线状长圆形，宽约0.8毫米，先端圆钝，无腺点，裂片间弯缺钝圆；
花丝贴生于花冠裂片基部，长约3.5毫米，明显伸出花冠外；
花药卵圆形，长约0.5毫米；
子房无毛，花柱长达4毫米。
蒴果褐色，稍短于宿存花萼。
花期6月。