云南长蒴苣苔，多年生草本。
茎高3-26厘米，密被极短的柔毛，偶而分枝，有3-4节，下面二节或上面二节常密集。
叶对生，中部叶具长柄，上部叶无柄；
叶片草质，长椭圆状卵形或卵形，两侧不相等，长1-14厘米，宽1-10厘米，顶端微尖或微钝，基部斜浅心形，边缘有浅钝齿，表面密被贴伏短柔毛，下面只沿脉被短柔毛，侧脉每侧5-6对；
叶柄长达8.5厘米。
基生叶偶而存在，似茎中部叶，具长柄。
花序生茎顶或茎中部叶腋，长1.5-6厘米，1-2回分枝，稀不分枝，有1一数花；
花序梗长1-2.8厘米，与花梗有疏腺毛；
苞片对生，常紫色，圆卵形，长2-3毫米；
花梗长4-10毫米。
花萼钟状，长5-6毫米，外面有疏柔毛，内面无毛，5浅裂，裂片三角形，稍不等大，长1-1.5毫米。
花冠紫色，长2.5-3.5厘米，外面有疏柔毛，内面无毛；
筒近筒状，上部稍变粗，长2-2.8厘米，口部粗4-6毫米；
上唇长约3.5毫米，下唇长约7毫米，裂片卵形。
雄蕊花丝着生于距花冠基部15-22毫米处，狭线、形，长约7毫米，直或有时在中部膝状弯曲，无毛，花药长约2毫米，有疏柔毛；
退化雄蕊3，着生于距花冠基部13-20毫米处，狭线形，侧面的长4-5毫米，顶端头状，中央的长1.2-2毫米。
花盘环状，高约2毫米。
雌蕊长2.3-3.2厘米、无毛，子房宽约1.1毫米，柱头头状。
蒴果长3-4.2厘米，宽1-1.2毫米，无毛。
种子淡褐色，椭圆形，长约0.3毫米。
花期8-10月。
