藏南长蒴苣苔，多年生草本。
茎高4-16厘米，不分枝，疏被贴伏短柔毛。
叶3-4枚生茎顶端，具柄；
叶片薄纸质，卵形或宽卵形，长3-8厘米，宽1.8-6.5厘米，顶端急尖，基部常稍斜，宽楔形、截形或浅心形，边缘有稍不整齐牙齿，上面密被、下面疏被贴伏短柔毛，两面散生黄色小腺点，侧脉每侧6-8条；
叶柄长0.6-2厘米。
聚伞花序生茎顶叶腋，2-3回分枝，有6-15花；
花序梗长2.5-5厘米，有小腺体及疏柔毛；
苞片对生，红紫色，圆卵形，长约4毫米，宽约7毫米，基部稍合生，近无毛；
花梗长4-7毫米，无毛。
花萼钟状，淡红色，长5-6毫米，二唇形，上唇长约1.8毫米，3浅裂，裂片宽卵形，长约0.6毫米，下唇长约2毫米，2裂近基部，裂片卵形或三角形，顶端圆形。
花冠深紫色，长约1.9厘米，无毛；
筒细筒状，长约1.1厘米，口部直径约3毫米；
上唇长约1.6毫米，2浅裂，裂片卵形，下唇长8毫米， 3裂近中部，裂片圆形。
雄蕊无毛，花丝着生于距花冠基部9毫米处，狭线形，长约2.2毫米，花药椭圆形，长约1.4毫米；
退化雄蕊1，着生于距花冠基部6.5毫米处，长约0.6毫米。
花盘杯状，高约2毫米，边缘有小齿。
雌蕊长约1.1厘米，无毛，花柱长约2.5厘米，柱头近盘状，直径约1毫米。
花期6月。
