晶帽石斛生长在海拔540-1700米的山地林缘或疏林中树干上。
晶帽石斛的唇瓣桔黄色，上部紫红色，近圆形，长2.5厘米，全缘，两面密被短绒毛。
晶帽石斛的蕊柱长4毫米。
晶帽石斛的总状花序数个，出自去年生落了叶的老茎上部，具1-2朵花；花序柄短，长6-8毫米，基部被3-4枚长3-5毫米的鞘。