滇黄堇，多年生草本，高0.6-1.5米，有时达2米或更高。
须根多数，粗线形，长达20厘米。
茎粗壮，具分枝，淡绿色，有时带紫色，基部具残枯的叶基。
基生叶少数，叶柄长10-20 (-31)厘米，常带紫色，叶片轮廓三角形或宽卵形，长7-10 (-18)厘米，三回三出分裂，第一回全裂片具较长的柄，中裂片的柄较侧裂片的长，轮廓卵形，第二回全裂片具较短柄，不规则的2-7深裂，小裂片狭倒卵形、倒披针形或椭圆形，先端具短尖，基部通常不对称，表面深绿色，背面具白粉，纵脉纤细，有时带紫色；
茎生叶3-5枚，疏离互生，下部叶具长柄，最上部叶近无柄，其他同基生叶。
总状花序少数，顶生和侧生，长4-12厘米，多花，排列稀疏，通常不分枝；
苞片披针形，全缘；
花梗纤细，与苞片近等长。
萼片鳞片状，具细牙齿，白色；
花瓣黄色，上花瓣长1.2-1.5厘米，花瓣片舟状卵形，背部具高约1.5毫米的鸡冠状突起，距圆筒形，与瓣片近等长，末端稍向上弧曲，下花瓣舟状长圆形，长6-7毫米，内花瓣提琴形，长6-7毫米，花瓣片倒卵状长圆形，具1侧生囊，基部耳垂，爪狭楔形，与瓣片近等长；
雄蕊束长5-6毫米，花药极小，淡黄色，花丝披针形，白色，蜜腺休贯穿距的4/5；
子房淡绿色，线形，长约3毫米，胚珠少数，排成1列，花柱比子房短，柱头双卵形，上端具4乳突，白色。
蒴果圆柱形，长0.7-1.3厘米，成熟时在果梗基部反折，有3-6枚种子。
种子近圆形，黑色，具光泽。
花果期6-9月。
